Hasta que se instituyó como municipio propio (1846), la historia de Isaba está ligada estrechamente en la del valle del Roncal, del que había pretendido separarse ya en 1665. 

Su ubicación geográfica muy cerca de la frontera con Francia lo han convertido en objetivo de los diferentes ejércitos que han desfilado durante siglos. Un ejemplo, el devastador incendio de septiembre de 1427 que dejó reducidas a la décima parte las 270 casas de la villa. En su iglesia se conservaba el archivo del valle, pasto también del fuego en 1523.

Durante la guerra de la Independencia, se estableció en Isaba una fábrica de fusiles y pólvora; motivo por el cual incendiaron la villa los franceses al retirarse vencidos en 1813, destruyendo la mayor parte de las casas. En las décadas siguientes, no obstante, se reconstruyó y amplió respecto a lo que era antes de la guerra, porque en 1847 contaba con 178 casas. Contaba asimismo con aduana.

En los años veinte de nuestro siglo, disponía de modernos mataderos y lavaderos cubiertos, todas edificaciones recientes, como las escuelas. Había también cuartel de la guardia civil y tejería.

En cuanto a población de los más de mil habitantes de mediados de los años 50 del siglo XX el número ha ido descendiendo década tras década. A día de hoy el censo de Isaba está en torno a los 400 personas.